Det er ikke Fiskeristyrelsen/Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri som er ressortmyndighed for forvaltningen af sæler. Denne opgave ligger hos Miljøstyrelsen.
I Miljøstyrelsen er nedsat en tværministeriel arbejdsgruppe, hvor også fiskerierhvervet, jægere, grønne organisationer og forskningsmyndigheder er repræsenteret. Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri deltager i dette arbejde.
Arbejdsgruppen beskæftiger sig med forvaltningen af begge sælarter på et nationalt niveau, og ikke kun begrænset til de udpegede Natura 2000 områder.
Du kan læse mere om den gældende forvaltningsplan for spættet sæl og gråsæl hos Miljøstyrelsen
Fiskeristyrelsen/Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri er dog forpligtet til at beskytte både den spættede sæl og gråsælen, som arter der er omfattet af Habitatdirektivet og som dermed skal beskyttes mod fiskeriaktiviteter som kan skade eller forstyrre sælerne.
Der er endnu ikke indført fiskeriregulering i danske Natura 2000 områder med henblik på beskyttelse af sæler.